Iruñeko Basotxo inguruan egiten ari diren kata arkeologikoetan San Frantzisko komentu zaharraren hondakinak aurkitu dituzte. Komentu hori Gaztelako gerraren ondoren eraitsi zuten, eta ezaguna zen existitu zela, baina ez zegoen haren kokapen zehatzaren berririk. Komentua eraitsi zuten, eta izen izen bereko egungo plazara eraman zuten.
Arkeologia lanez arduratzen den Trama kabinete enpresako iturriek atzo jakitera eman zutenez, gutxienez sei giza eskeletoren gorpuzkiak dira, San Frantzisko komentu zaharreko ehorzketetakoak.
Gorpuzkiak kalearen erdialdean aurkitu dituzte, San Nikolas atariaren ondoan. 90 cm inguruko sakoneran dauden hobi sinpleetan daude, garai modernoko estratigrafiaren pean,eta helduenak dira.
Haien ezaugarriengatik, Behe Erdi Arotik XIX. mendearen hasierara arteko denbora tarte zabalekoak izan daitezke, eta xehetasunez aztertu beharko dituzte, nahiz eta teknikarien arabera, litekeena den antzinako San Frantzisko komentuko nekropoliaren zati bat izatea.
Komentua XII. eta XVI. mendeen artean izan zen Iruñeab; izan ere, Gaztelako gerretan (1512 eta 1521) partzialki suntsitua izan zen, eta, azkenik, eraitsi zuten 1540 inguruan. Nafarroaren konkistaren esparruan, Takonera komentuak Albako dukearen armadak eragindako kalteak jasan zituen, baina, batez ere, hilabete batzuk geroago, Nafarroako erregeekin batera zihoan frantziar armadak egin zion kaltea.
Komentuari buruzko azken dokumentu ezagunen arabera, bere eraispena Mirandako kondeak, Francisco de Zuñiga Avellanedak eta Velascok agindu zuten, independentzia gerraren amaieran.
Uste denez, Basotxoko fraideen komentua, harresietatik kanpo eta San Lorentzo dorretik gertu, tamaina handikoa zen.